Research stories, methods and notes.
> When I first started analysing metagenomic data from cold seeps and hot springs, I didn’t expect to spend quite so much time staring at confusing lines of code and fragmented seq…
宏基因组测序不仅能够揭示微生物群落的遗传多样性和功能潜力，也为解析大量未培养微生物提供了重要途径。本研究比较了不同测序策略在宏基因组组装与分箱中的表现，重点评估读长对结果的影响。结果表明，更长的Illumina读长有助于提升contig组装效果和基因片段重建能力；进一步结合冷泉和温泉样本分析发现，Nanopore长读长测序在重构中高质量宏基因组基因组方面具有…
微生物群落展现出基于代谢依赖性的复杂相互作用。为了阐明这些依赖性，我们提出了一种利用随机矩阵理论模型（RMT）对宏基因组组装基因组（MAGs）构建共生和代谢互补网络的工作流程。 论文信息 英文标题：Metabolic interdependencies in thermophilic communities are revealed using co-occ…